Die Fläche des gesamten europäischen Schutzgebietes beträgt etwa 42.500 ha. Knapp 30.000 ha davon sind Wasserfläche und Salzwiesen. Besonders auf der Wasserfläche müssen im Interesse der hier vorkommenden Wasservögel besondere Schutzmaßnahmen ergriffen werden. Neben den in der Bucht vor allem auf der Insel Poel brütenden Küstenvogelarten, wie Austernfischer, Sturmmöwe, Küstenseeschwalbe, Mittelsäger u.a., halten sich in der Bucht Zehntausende von Rastvögeln auf ihrem Weg zwischen den Brutplätzen und dem Winterquartier hier auf. Aber auch bereits im Hochsommer sammeln sich viele Enten- und Gänsearten in der Wismarbucht um ihr Gefieder zu wechseln (Mauser) oder sich für den Flug im Herbst nach Süden vorzubereiten. In dieser Zeit sind Tausende Sing- und Höckerschwäne, Grau- und Blässgänse, Schell- und Eiderenten, Blässhühner sowie zahlreiche Watvogelarten dort Gäste.